1989年7月1日，鐵道部基本建設總局撤銷，中國鐵路工程總公司成立。總公司是鐵道部領導下的自主經營、獨立核算、自負盈虧、具有法人資格的全民所有制企業，對下屬第一至第五工程局，大橋、隧道、建廠、電氣化工程局，第一至第四勘察設計院，山海關、沈陽、寶雞橋梁工廠，寶雞、武漢工程機械廠，武漢工程機械研究所，以及總公司其他下屬單位，實行統一領導和管理，實行總經理負責制。2001年1月因鐵道部體制改革要求，除第一至第四勘測設計院和專業設計院外，中國鐵路工程總公司和其他下屬單位不再受鐵道部領導。